El museo guarda materiales de la Facultad de Medicina y se ha ido enriqueciendo con donaciones de instituciones y particulares, hasta llegar a reunir más de 3.000 objetos. Además, sus fondos archivísticos se dividen en los personales, con manuscritos y notas de cuatro importantes historiadores de la medicina valencianos: León Sánchez Quintanar, Juan Bautista Peset y Vidal, José Rodrigo Pertegás y Vicente Peset Llorca; archivos clínicos y archivos de instituciones, principalmente el de la Facultad de Medicina desde finales del siglo XIX.