Cette église, dont la construction commença en 1734, fut inaugurée le 14 août 1751 avec la procession du transfert du Saint Sacrement de l'ancien lieu de culte au nouveau. L'un de ses éléments architecturaux les plus remarquables est sa coupole recouverte de tuiles à reflet métallique doré, qui la rend exceptionnelle parmi l'ensemble varié des églises valenciennes de l'époque. Cette coupole est parfaitement visible depuis la capelleta, ou chapelle de Saint-Antoine.


La façade se divise en trois parties : une centrale et deux corps latéraux. Ces derniers donnent l'impression que l'on projetait d'en faire des tours, bien que seule celle de gauche, le clocher, ait été construite. L'élément architectonique le plus remarquable de cette façade est sans aucun doute le portail d'inspiration classique, entrée principale de l'église, réalisé en pierres taillées. Dans sa partie supérieure, se trouve une niche qui abrite la statue, également de pierre, du patron de l'église paroissiale, Saint-Jean Baptiste, œuvre du sculpteur Octavio Vicent réalisée au milieu du XXe siècle. L'ajout décoratif, consistant de diverses compositions d'azulejos aux formes mixtilignes, à base de rocaille et une horloge solaire d'azulejos de style néo- baroque datent de la même époque et ont été réalisés dans l'atelier de José Gimeno Martinez.


Une série de tableaux en céramique de style XVIIIe siècle a récemment été installée sur le côté droit de l'église, elle fut réalisée par Juan Colón Buendía pour commémorer le 250e anniversaire du transfert du Saint Sacrement de l'ancien lieu de culte à l'actuel.


L'intérieur de l'église, construite en forme de croix latine encadrée dans un rectangle, est de style néo- classique avec quelques caractéristiques baroques. Les deux côtés de la nef abritent une série de chapelles où se trouvent diverses représentations de saints vénérés par les habitants catholiques de Manises, particulièrement Sainte-Justa et Sainte-Rufina, patronnes de la ville de Manises et des céramistes.


La chapelle de communion se trouve à gauche, derrière la nef centrale. Construite à la fin du XIXe siècle, elle est remarquable pour l'harmonie de sa composition, pour être l'une des plus grandes de la communauté de Valence et pour les tuiles à reflet métallique doré de sa toiture en forme de pyramide quadrilatérale.


Pillée et incendiée en août 1936, l'église de Saint-Jean Baptiste fut reconstruite après la guerre par de bons artisans qui, suivant l'esthétique du XVIIIe siècle, recréèrent les statues, les autels et les ornements, permettant de récupérer en grande partie sa valeur artistique.


Parmi la grande quantité d'applications de céramique que contient l'intérieur de l'église, il convient de remarquer le soubassement d'azulejos original; un chemin de croix peint sur céramique, à la fin du XIXe siècle, par le remarquable peintre valencien Francisco Dasi, provenant de l'ancien calvaire municipal ; et un tableau en céramique, représentant la Dernière Cène, peint par Arturo Almar en 1922. Il appartenait, à l'origine, au Circulo Catolico La Paz et reproduit la Dernière Cène du peintre Bassano qui se trouve au musée du Prado à Madrid.