El conjunt de fons que es troben en el Palau Ducal gira entorn de dos aspectes, la ceràmica i l'art sacre. Quant a la primera, la mostra es compon de paviments corresponents a la Casa dels Borja. Així, els adorns del Saló de Corones compostos per taulellets de Manises del segle XV, estan considerats com un dels màxims exponents de la història ceràmica valenciana. D'altra banda, el Palau Ducal mostra el crucifix de Sant Francesc de Borja, un objecte d'ampli valor emotiu i artístic. Durant la visita a les instal·lacions es posen de manifest els sis segles d'història del Palau dels Borja ja que cada una de les sales conté elements diferenciadors de diversos estils arquitectònics com el gòtic, barroc, renaixentista o neoclàssic.